Městské muzeum založil v roce 1908 historik a propagátor pokrokových myšlenek středoškolský profesor Ferdinand Pakosta (1884–1914). Za pomoci několika nadšenců se mu podařilo získat do muzejních sbírek řadu exponátů, které instaloval v prvotních expozicích. Správě ústavu podléhal i městský archiv, ostatně prof. Pakosta hodlal na základě dochovaných písemných pramenů napsat dějiny města Pacova. Ferdinand Pakosta započaté dílo bohužel nedokončil, neboť zemřel na následky zranění na východní frontě I. světové války.
Ferdinand Pakosta
Nepřízeň osudu zasáhla též muzeum – po požáru radnice roku 1917 ztratilo své sídlo a vlivem obecných poměrů upadlo do hluboké stagnace. Teprve s příchodem Jana Zoubka (1898–1966) na místo dobrovolného muzejního správce nastal opětovný rozkvět muzea. Ve spolupráci s Přemyslem Plačkem (1886–1967) a za podpory muzejního spolku a vedení města obdivuhodně činorodý Jan Zoubek zřídil nové expozice, rozšířil sbírky a svými aktivitami spojenými s péčí o umělecký odkaz básníka Antonína Sovy, popularizací dalších významných rodáků a motocyklových závodů na Pacovském okruhu uvedl muzeum a město Pacov do širokého kulturního povědomí.
Muzeum v budově v Hronově ulici
Na takto položených základech další muzejní pracovníci úspěšně pokračovali v naznačených hlavních cílech činnosti instituce, které spočívají ve sbírání, zpracování a prezentaci materiálů dokumentujících minulost a přítomnost Pacovska.
V roce 2011 se Městské muzeum Antonína Sovy přestěhovalo do opraveného pacovského zámku.
Expozice Městského muzea Antonína Sovy v Pacově